Microbioma urinario (urinoma): implicaciones del desequilibrio del microbioma en la etiología de la cistitis recurrente y la cistitis intersticial

 

 

Nº de DOI: 10.34896/RSI.2026.44.61.001

 

 

AUTORES

1. Katia Lorena Piñeros Rodríguez. Médica General, Universidad Ciencias Aplicadas y Ambientales UDCA, Médica Hospitalaria Urología, https://orcid.org/0000-0001-8524-4124
2. Julio Andres Álvarez Ortiz. Especialista en Urología Sanatorio del Salvador Consejo de Médicos de la Provincia de Córdova Argentina, https://orcid.org/0000-0003-4522-4801
3. Alicia Estefania Lima Córdova. Especialista en Urología, Hospital General Riobamba, Chimborazo Ecuador, https://orcid.org/0000-0002-6947-8235

 

RESUMEN

Introducción: Durante décadas, el tracto urinario inferior se consideró un entorno estéril en individuos sanos. Sin embargo, el desarrollo de la secuenciación del gen ARNr 16S y el Cultivo Cuantitativo Expandido de Orina (EQUC) ha revelado la existencia de una comunidad microbiana residente compleja: el microbioma urinario o urinoma.

Objetivo: Analizar y sintetizar la evidencia científica actual sobre el papel del microbioma urinario, específicamente el impacto de su desequilibrio (disbiosis), en la fisiopatología, diagnóstico y tratamiento de la cistitis recurrente y la cistitis intersticial/síndrome de dolor vesical (CI/SDV).

Método: Se realizó una revisión narrativa exhaustiva mediante una búsqueda bibliográfica en PubMed/MEDLINE, Scopus, Web of Science y Google Scholar, seleccionando artículos publicados entre 1990 y 2025 utilizando términos MeSH específicos.

Resultados: La evidencia demuestra que un microbioma urinario sano está dominado frecuentemente por especies de Lactobacillus en mujeres, las cuales ejercen un rol protector. La disbiosis, caracterizada por la depleción de comensales y la proliferación de patógenos oportunistas o bacterias intracelulares quiescentes, se asocia directamente con la cistitis recurrente. En la CI/SDV, aunque los datos son más heterogéneos, se observan alteraciones en la diversidad microbiana que podrían exacerbar la inflamación crónica y el daño al urotelio, sugiriendo fenotipos de la enfermedad mediados por el microbioma.

Conclusiones: El reconocimiento del urinoma obliga a un cambio de paradigma, alejándose de la erradicación bacteriana a corto plazo mediante antibióticos y avanzando hacia estrategias terapéuticas que busquen la restauración de la simbiosis urológica, como los probióticos, la terapia de fagos y los trasplantes de microbiota.

PALABRAS CLAVE

Microbioma urinario, urinoma, cistitis recurrente, cistitis intersticial, síndrome de dolor vesical, disbiosis, urotelio.

ABSTRACT

Introduction: For decades, the lower urinary tract was considered a sterile environment in healthy individuals. However, the development of 16S rRNA gene sequencing and Expanded Quantitative Urine Culture (EQUC) has revealed the existence of a complex resident microbial community: the urinary microbiome or urobiome.

Objective: To analyze and synthesize current scientific evidence on the role of the urinary microbiome, specifically the impact of its imbalance (dysbiosis), in the pathophysiology, diagnosis, and treatment of recurrent cystitis and interstitial cystitis/bladder pain syndrome (IC/BPS).

Method: A comprehensive narrative review was conducted through a literature search in PubMed/MEDLINE, Scopus, Web of Science, and Google Scholar, selecting articles published between 1990 and 2025 using specific MeSH terms.

Results: Evidence demonstrates that a healthy urinary microbiome is frequently dominated by Lactobacillus species in women, which exert a protective role. Dysbiosis, characterized by the depletion of commensals and the proliferation of opportunistic pathogens or quiescent intracellular bacteria, is directly associated with recurrent cystitis. In IC/BPS, although data is more heterogeneous, alterations in microbial diversity are observed that could exacerbate chronic inflammation and urothelial damage, suggesting microbiome-mediated phenotypes of the disease.

Conclusions: The recognition of the urobiome necessitates a paradigm shift, moving away from short-term bacterial eradication using antibiotics toward therapeutic strategies aimed at restoring urological symbiosis, such as probiotics, phage therapy, and microbiota transplants.

KEY WORDS

Urinary microbiome, urobiome, recurrent cystitis, interstitial cystitis, bladder pain syndrome, dysbiosis, urothelium.

INTRODUCCIÓN

El dogma médico que establecía que la orina y la vejiga humana eran estériles en ausencia de infección clínica ha sido el pilar de la urología y la microbiología clínica durante más de un siglo. Este paradigma se basaba en las limitaciones del cultivo de orina estándar (SUC, por sus siglas en inglés), diseñado en la década de 1950 para detectar un umbral alto de patógenos aerobios de rápido crecimiento (principalmente Escherichia coli) asociados con la pielonefritis aguda¹.

Sin embargo, los avances tecnológicos de la última década, en particular la secuenciación de próxima generación (NGS) del gen ARNr 16S y el desarrollo de protocolos de Cultivo Cuantitativo Expandido de Orina (EQUC), han desmentido categóricamente esta creencia^2,3. Hoy en día es innegable que el tracto urinario inferior alberga una comunidad de microorganismos comensales, simbióticos y patogénicos conocida como «microbioma urinario» o «urinoma»⁴.

La cistitis recurrente (CR) y la cistitis intersticial/síndrome de dolor vesical (CI/SDV) son dos patologías urológicas crónicas que generan una morbilidad significativa y un grave deterioro en la calidad de vida, afectando predominantemente a mujeres⁵. Históricamente, el manejo de la CR se ha basado en ciclos repetidos de profilaxis antibiótica, lo que ha contribuido a la crisis global de resistencia a los antimicrobianos. Por su parte, la etiología de la CI/SDV ha sido considerada un misterio idiopático, tratado mediante enfoques multimodales a menudo ineficaces⁶.

OBJETIVO

El descubrimiento del urinoma proporciona un marco patogénico innovador: la hipótesis de la disbiosis. Esta revisión narrativa tiene como objetivo examinar críticamente las implicaciones del desequilibrio del microbioma urinario en la etiología, perpetuación y manejo clínico tanto de la cistitis recurrente como de la cistitis intersticial.

METODOLOGÍA

Para garantizar la rigurosidad académica de esta revisión, se diseñó una estrategia de búsqueda bibliográfica estructurada. Se consultaron bases de datos biomédicas de alto impacto, priorizando literatura publicada entre 1990 y 2025 para capturar tanto los fundamentos históricos de la urología como los avances moleculares más recientes.

Véase tabla 1 en anexos, parámetros de la estrategia de búsqueda bibliográfica.

Se identificaron inicialmente más de 300 artículos, de los cuales se seleccionaron las 20 referencias más pertinentes y de mayor calidad metodológica para fundamentar el presente manuscrito, prestando especial atención a estudios que utilizaran técnicas de secuenciación genética y recolección de orina por cateterismo transuretral o aspiración suprapúbica para evitar la contaminación vaginal⁷.

DESARROLLO

Fisiopatología:

Para comprender la etiología de las patologías vesicales crónicas, es fundamental definir primero el estado de «eubiosis» (equilibrio sano) del tracto urinario. En mujeres sanas, el microbioma urinario presenta una baja biomasa pero una alta complejidad, estando a menudo dominado por géneros como Lactobacillus, Corynebacterium, Streptococcus y Staphylococcus⁸ Lactobacillus crispatus, al igual que en la vagina, parece ejercer un papel protector al producir ácido láctico, peróxido de hidrógeno y bacteriocinas que inhiben la adhesión de uropatógenos al urotelio⁹.

Cistitis Recurrente (CR) y Disbiosis:

La CR se define por la ocurrencia de al menos 3 episodios de infección del tracto urinario (ITU) en 12 meses, o 2 episodios en 6 meses¹⁰. La fisiopatología mediada por el microbioma se explica a través de dos mecanismos interconectados:

1. Depleción de especies protectoras: El uso repetido de antibióticos destruye la flora comensal (especialmente Lactobacillus), eliminando la barrera de exclusión competitiva y alterando el pH local.
2. Comunidades Bacterianas Intracelulares (CBI) y Reservorios Quiescentes: Ciertas cepas de E. coli uropatógena (UPEC) tienen la capacidad de invadir las células en paraguas del urotelio. Una vez dentro, escapan a la vigilancia del sistema inmunológico y a la acción de muchos antibióticos, replicándose para formar biopelículas intracelulares. Estos reservorios pueden permanecer latentes (quiescentes) y reactivarse semanas o meses después, causando una recurrencia clínica sin necesidad de una nueva inoculación externa¹¹.

 

Cistitis Intersticial / Síndrome de Dolor Vesical (CI/SDV):

La relación entre el urinoma y la CI/SDV es más compleja. La CI/SDV se caracteriza por dolor pélvico crónico percibido en la vejiga, acompañado de síntomas de almacenamiento (urgencia, frecuencia), sin evidencia de infección aguda demostrable por cultivos estándar¹².

Recientes análisis de secuenciación de alto rendimiento han demostrado que los pacientes con CI/SDV a menudo presentan una marcada disbiosis urológica. Algunos estudios apuntan a una menor diversidad general y a una reducción significativa de Lactobacillus spp., junto con un aumento de bacterias anaerobias exigentes o microorganismos proinflamatorios sutiles (ej., Gardnerella, Corynebacterium atípicos) que no causan una infección purulenta aguda, pero sí una inflamación de bajo grado sostenida^13,14. Esta microinflamación crónica provoca la activación de mastocitos en la submucosa vesical y el adelgazamiento de la capa protectora de glicosaminoglicanos (GAG), exponiendo las terminaciones nerviosas nociceptivas a los solutos irritantes de la orina¹⁵.

Presentación clínica:

Aunque la CR y la CI/SDV tienen etiologías divergentes en la medicina clásica, la lente del microbioma revela una importante superposición fenotípica que a menudo confunde el diagnóstico.

• En la Cistitis Recurrente: La paciente presenta episodios agudos de disuria severa, polaquiuria, urgencia y dolor suprapúbico. Entre estos episodios, el paciente suele estar asintomático. La orina puede presentar piuria y hematuria microscópica o macroscópica.
• En la Cistitis Intersticial: El síntoma cardinal es el dolor que empeora con el llenado vesical y se alivia temporalmente con el vaciado. A diferencia de la CR, los síntomas son continuos y crónicos (más de 6 semanas de evolución). Sin embargo, muchos pacientes con CI/SDV reportan que su condición comenzó tras un episodio severo de «infección urinaria» aguda, lo que apoya la teoría de que un desequilibrio microbiómico post-infeccioso o post-antibiótico (disbiosis persistente) puede ser el evento desencadenante de la hiperalgesia visceral crónica¹⁶.

 

Abordaje diagnóstico:

El diagnóstico tradicional de las patologías de la vejiga está experimentando un cambio sísmico debido a la comprensión de que «un cultivo negativo no significa ausencia de bacterias».

Limitaciones del Cultivo Estándar (SUC):

El urocultivo estándar utiliza típicamente 1 µL de orina inoculada en agar sangre y agar MacConkey, incubada aeróbicamente a 35 °C durante 24 horas. Este método pasa por alto a bacterias anaerobias, microaerofílicas, dependientes de CO2 y a aquellas de crecimiento lento, que constituyen gran parte del microbioma urinario¹⁷. Por lo tanto, muchos pacientes con CI/SDV o «síndrome uretral» han sido diagnosticados erróneamente basándose en la aparente esterilidad de su orina.

Herramientas Diagnósticas de Nueva Generación:

1. Cultivo Cuantitativo Expandido de Orina (EQUC): Modifica el SUC utilizando mayores volúmenes de orina (10 a 100 µL), diversos medios de cultivo (agar sangre, MacConkey, CNA, CDC para anaerobios), y condiciones de incubación prolongadas (hasta 48 horas) bajo atmósferas aeróbicas, anaeróbicas y enriquecidas con CO2. El EQUC puede identificar hasta un 80% más de especies microbianas con relevancia clínica que el SUC¹⁸.
2. Secuenciación de ARN ribosomal 16S y Metagenómica Shotgun: Técnicas moleculares independientes del cultivo que amplifican el ADN bacteriano presente en la muestra. Permiten un mapeo taxonómico completo del microbioma, identificando disbiosis sutiles que se correlacionan con la gravedad del dolor pélvico en pacientes con CI/SDV¹⁹.

 

Para la investigación del urinoma, la recolección de la muestra es crítica. La orina de micción media está inevitablemente contaminada por la flora vaginal y vulvar. Por lo tanto, el uso de muestras obtenidas mediante cateterismo transuretral o punción suprapúbica es el estándar de oro para asegurar que el microbioma analizado refleje fielmente la microbiota intravesical²⁰.

Diagnóstico diferencial:

La superposición de síntomas del tracto urinario inferior (STUI) hace que el diagnóstico diferencial requiera una alta sospecha clínica y, progresivamente, un perfilado del microbioma.

Véase tabla 2 en anexos, diagnóstico diferencial basado en hallazgos clínicos y del microbioma.

Estrategias terapéuticas:

El paradigma del tratamiento debe evolucionar de la estrategia de «tierra arrasada» mediada por antimicrobianos de amplio espectro, a un enfoque de modulación ecológica y restauración de la eubiosis.

1. Optimización de la Terapia Antibiótica (Stewardship): En la CR, se debe evitar la profilaxis antibiótica prolongada indiscriminada. Cuando sea necesario, se prefieren antibióticos de espectro reducido dirigidos por antibiograma de métodos expandidos.
2. Probióticos y Simbióticos: El uso de cepas específicas de Lactobacillus (como L. crispatus CTV-05, L. rhamnosus GR-1 y L. reuteri RC-14) administradas por vía oral o mediante supositorios vaginales, ha demostrado eficacia clínica para repoblar el nicho urogenital, restablecer el pH ácido y reducir las tasas de recurrencia en la CR.
3. Terapia Hormonal Local: En mujeres posmenopáusicas, el hipoestrogenismo induce la atrofia del urotelio y la pérdida de glucógeno, sustrato vital para los Lactobacillus. La aplicación de estrógenos vaginales tópicos revierte esta atrofia, fomenta la proliferación de Lactobacillus y es una estrategia de primera línea comprobada para prevenir la CR y mejorar los síntomas de la CI/SDV¹⁰.
4. Inmunoprofilaxis (Vacunas): Preparaciones orales (OM-89 / Uro-Vaxom) o sublinguales (MV140 / Uromune) a base de extractos bacterianos liofilizados o inactivados estimulan la inmunidad de la mucosa vesical, entrenando al sistema inmune para responder a patógenos comunes sin alterar la microbiota residente.
5. Instilaciones Vesicales: La reposición de la capa de GAG mediante instilaciones intravesicales de ácido hialurónico y condroitín sulfato ayuda a aislar el urotelio dañado en pacientes con CI/SDV y CR, impidiendo la adherencia de bacterias patógenas y el paso de toxinas.
6. Terapias Emergentes (Eje Intestino-Vejiga): El Trasplante de Microbiota Fecal (TMF) se está investigando activamente. Estudios observacionales han demostrado que pacientes que recibieron TMF por infección recurrente de Clostridioides difficile experimentaron una reducción drástica y sostenida de sus episodios de CR concomitantes, sugiriendo que el reservorio intestinal es la fuente primaria de disbiosis urológica¹¹.

 

Pronóstico y seguimiento:

El pronóstico de los trastornos vesicales crónicos mejora sustancialmente cuando se aplica un enfoque centrado en el microbioma. La dependencia histórica de perfiles clínicos puramente sintomáticos a menudo conducía a recaídas. El seguimiento prospectivo moderno incluye:

• Monitorización de biomarcadores: Evaluar la presencia sostenida de Lactobacillus como un biomarcador de curación y resiliencia del tracto urinario.
• Manejo de la cronicidad: La CI/SDV sigue siendo un desafío, pero la identificación de subgrupos de pacientes con fenotipos impulsados específicamente por disbiosis permite terapias dirigidas, mejorando el pronóstico funcional a largo plazo y reduciendo el deterioro psicológico asociado al dolor crónico.

 

DISCUSIÓN

El estudio del microbioma urinario es un campo emergente, y persisten debates significativos en la comunidad científica. La pregunta central es la de causalidad versus correlación: ¿Es la disbiosis la causa principal de la CI/SDV y la inflamación de bajo grado, o es el tejido urotelial dañado y el microambiente alterado de la vejiga lo que permite que prospere una flora disbiótica?

Además, la heterogeneidad en las metodologías de los estudios (diferencias en los métodos de extracción de ADN, regiones hipervariables del ARNr 16S secuenciadas y métodos de recolección de orina) dificulta la comparación cruzada entre ensayos clínicos¹⁹. Los estudios futuros deben estandarizar obligatoriamente la recolección mediante catéter para estudios del urinoma inferior y adoptar la metagenómica shotgun para proporcionar información no solo taxonómica, sino también funcional (ej. vías metabólicas y perfiles de resistencia a antimicrobianos).

 

CONCLUSIONES

La orina no es estéril. El tracto urinario humano posee un microbioma dinámico y complejo cuyo equilibrio es indispensable para la salud urológica. La disbiosis de esta comunidad microbiana, exacerbada frecuentemente por intervenciones iatrogénicas como la sobreprescripción de antibióticos, juega un rol patogénico directo y demostrable en la etiología de la cistitis recurrente y participa como un cofactor inflamatorio clave en la cistitis intersticial/síndrome de dolor vesical.

La integración de herramientas de diagnóstico molecular (secuenciación de 16S) y métodos de cultivo expandido (EQUC) en la práctica clínica especializada es inminente. Como profesionales de la salud, debemos transitar urgentemente hacia un modelo de administración ecológica del tracto urinario, favoreciendo terapias como estrógenos locales, inmunoprofilaxis y modulación simbiótica para restaurar la función de barrera del urotelio y erradicar el ciclo crónico de infección y dolor.

 

BIBLIOGRAFÍA

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ANEXOS

Tabla 1. Parámetros de la estrategia de búsqueda bibliográfica:

CRITERIO	DESCRIPCIÓN
Bases de datos	PubMed/MEDLINE, Scopus, Web of Science, Google Scholar.
Términos MeSH / Palabras clave	«Microbiota», «Urinary Tract», «Cystitis», «Cystitis, Interstitial», «Recurrent Urinary Tract Infection», «Dysbiosis», «Urobiome».
Operadores Booleanos	(Microbiome OR Urobiome) AND (Cystitis OR Interstitial Cystitis) AND Dysbiosis.
Filtros aplicados	Humanos, artículos en inglés y español, ensayos clínicos, estudios observacionales, revisiones sistemáticas, metaanálisis.
Criterios de exclusión	Resúmenes sin texto completo disponible, estudios en modelos animales no trasladables a la fisiopatología humana clínica, artículos de opinión no peer-reviewed.

 

Tabla 2. Diagnóstico diferencial basado en hallazgos clínicos y del microbioma:

PATOLOGÍA	CLÍNICA PRINCIPAL	HALLAZGOS TÍPICOS EN SUC	ALTERACIONES CLÁSICAS DEL URINOMA (EQUC/16S)
Cistitis Recurrente (CR)	Disuria aguda episódica, urgencia, fiebre (ocasional). Periodos asintomáticos.	Positivo (>10^5 UFC/mL) durante brotes (ej. E. coli).	Pérdida de Lactobacillus. Dominancia transitoria de uropatógenos, presencia de reservorios formadores de biopelículas.
Cistitis Intersticial (CI/SDV)	Dolor pélvico/vesical crónico, aliviado por micción. Sin episodios agudos infecciosos.	Consistentemente Negativo.	Disminución de la diversidad microbiana, aumento de anaerobios exigentes, depleción de bacterias protectoras.
Vejiga Hiperactiva (VH)	Urgencia inminente, con o sin incontinencia. Sin dolor severo.	Negativo.	Correlación con alteraciones en ciertas especies (ej. aumento de Gardnerella, disminución de Lactobacillus).
Vulvodinia	Dolor vulvar provocado (ej. dispareunia) sin causa evidente.	Negativo (no aplicable a vejiga).	Alteraciones de la microbiota vaginal cruzada con el introito uretral.